Het jaar 1197 markeert de vestiging van de abdij, wanneer een monnik uit de Sint-Pietersabdij in Gent, Boudewijn van Boekel, zich in Klein-Sinaai vestigt als kluizenaar. Zijn 'kluis' groeide uit tot een abdij die begin 13e eeuw erkend werd door de bisschop van Doornik.
Vanuit deze abdij, die ook wel bekend staat in oude spelling als Baudeloo, begonnen de monniken de streek rondom de Schelde in te polderen. Dit deden ze onder andere door het stichten van uithoven, zoals bij Lamswaarde en Othene in Zeeuws-Vlaanderen. In Hulst en Gent had de abdij een refugehuis. Boudelo bezat een hoeve in Aarsele: de Baudeloohoeve of hof van Baudeloo. Ze werd heropgebouwd na een brand in 1717.
In 1578 werd de abdij verwoest door Gentse calvinisten.
In het cultuurhistorisch museum in Sint-Niklaas zijn verscheidene archeologische vondsten van de Boudelo-abdij te zien. De opgraving van de abdij gebeurde door de Belseelse Alfons De Belie met hulp van allerlei vrijwilligers. (Wikipedia)